در بازی کرش بندیکت 4 بار دیگر  دکتر نئو‌کورتکس (Neo Cortex)  و دکتر ان‌. تروپی (N. Tropy) بازگشته‌اند و حملات‌شان را نه تنها به سیاره زمین بلکه به کل دنیا آغاز کرده‌‌اند. دکتر کرتکس همچنان به دنبال شکار کراش دوست‌داشتنی ماست. او و دکتر ان تروپی، برای فرار از سیاره‌ای که به آن تبعیدشده‌اند، یک پرتال عجیب را در فضا باز می‌کنند. آن‌ها بعدها متوجه می‌شوند که این پرتال می‌تواند ابعاد مختلف دنیا را بهم متصل کند و همین باعث شروع حمله‌ای گسترده علیه کراش و کوکو می‌شود. کراش و کوکو در این بازی میان ابعاد مختلف دنیا گیر افتاده‌اند و تنها راه رهایی آن‌ها، پیدا کردن ماسک‌های کوانتوم است که کنترل فضا و زمان را به مالک آن می‌دهد. هدف اصلی داستان بازی پیدا کردن این ماسک‌ها است که بازی را بسیار هیجان‌انگیز کرده است.

کراش و کوکو اینجا هستند تا با استفاده از نیروهای جدیدی که در اختیار دارند در‌برابر حملات دکتر کورتکس ایستادگی کنند. شما این‌بار با کرش و خواهرش کوکو وارد دنیاهای مختلفی می‌شوید.